Современный флаг региона был утверждён Белгородской областной Думой в 2000 году. Позже, в апреле 2004 года был принят региональный закон «О гербе и флаге Белгородской области». В 2006 году в него была внесена поправка, которая разрешала свободное использование флага любыми организациями и частными лицами – при условия уважительного отношения к символике.
В июне 2011 облдума приняла обращение к жителям региона о популяризации символики, депутаты выступили за более активное её использование и пропаганду в СМИ, на предприятиях и учреждениях, в учебных заведениях.
Флаг области - это символ региональной власти. Он представляет собой прямоугольное полотнище, разделённое синим крестом на четыре равные части: белую, красную, зелёную и чёрную. В своей основе флаг воспроизводит цвета и фигуры исторических знамён белгородских армейского пехотного и гарнизонного полков, дарованных Петром I и изготовленных в Оружейной палате в 1712 году.